Chlorprothixene与多巴胺和组织胺受体(如D1, D2, D3, D5, H1, 5-HT2, 5-HT6和5-HT7)具有强结合力, Ki值分别为18nM, 2.96 nM, 4.56 nM, 9 nM, 3.75 nM, 9.4 nM, 3 nM和5.6 nM。